CANopen和EtherCAT都是工业通信协议，但它们之间存在一些重要的区别。

1. 网络类型：CANopen是基于CAN总线的协议，它允许多个设备在同一网络上相互通信。而EtherCAT则是基于以太网的实时工业以太网通信协议。
2. 数据传输速度：由于CAN总线的带宽有限，因此CANopen的传输速度较慢，特别是在多节点传输中可能遇到速度瓶颈。而EtherCAT基于以太网，其数据传输速度更高，更适用于高速度的实时通信。
3. 协议复杂度：CANopen是一个较为复杂的协议，其协议规范包括了大量的配置和参数设置，需要更多的编程和配置工作。而EtherCAT相对较为简单，其协议结构清晰，易于实现和维护。
4. 实时性：由于CANopen的传输速度相对较慢，因此在某些需要高实时性的应用中可能无法满足要求。而EtherCAT具有更高的实时性，能够满足高速度、高精度的实时控制需求。
5. 应用领域：CANopen主要应用于对成本敏感、需要简单网络结构的场合，如汽车电子、机器人等。而EtherCAT则更适用于需要高速、高精度控制的应用领域，如数控机床、自动化生产线等。

总的来说，CANopen和EtherCAT各有其特点和优势，具体选择哪种协议取决于应用场景和需求。在选择时需要考虑设备数量、通信速度、实时性要求以及成本等因素。